از خمیر سیلیکون برای هواگیری میان هیتسینک و آی سی یا ... و همچنین اتصال بهتر بین هیت سینک و آی سی استفاده می شود تا به این وسیله عمل انتقال حرارت از آی سی به هیت سینک بهتر انجام شود . خمیر سیلیکون در واقع یک رسانای گرمایی بسیار با کیفیت است که بین دو شیء فلزی مورد استفاده قرار می گیرد که در اینجا معمول این دو شیء سیستم خنک کننده یا Heat Sink و CPU یا GPU شما می باشد. با استفاده از این خمیر گرما به راحتی بین این دو شیء رد و بدل می شود. این خمیر زمانیکه بر روی Heat Sink و CPU یا GPU شما قرار می گیرد کلیه فضاهای خالی میکروسکوپی که بر روی CPU یا Heat Sink شما قرار دارد را پر می کند ، این فضاهای خالی می تواند باعث عدم انتقال درست گرما و در نتیجه عملکرد ضعیف سیستم خنک کننده شوند. هوا رسانای ضعیفی برای گرماست . خمیر سیلیکون که در اینجا به عنوان رابط حرارتی Thermal Interface معروف است یک رسانای گرمایی بسیار خوب است که تا صد برابر هوا می تواند گرما را منتقل کند. به این رابط حرارتی همانطور که اشاره شد TIM یا Thermal Interface Materials گفته می شود. البته بایستی توجه کنید که خمیر سیلیکون به اندازه فلز قدرت رسانایی گرما ندارد ، بنابراین بایستی به اندازه لازم مورد استفاده قرار بگیرد در غیر اینصورت می تواند کارایی سیستم خنک کننده را تحت تاثیر قرار بدهد.